Raskauden aikainen SSRI-aineiden käyttö voi aiheuttaa sikiölle tai vastasyntyneelle pahoja vieroitusoireita lääkkeen käytön lopettamisen yhteydessä tai synnytyksen jälkeen. Eläinkokeissa raskauden aikainen masennuslääkkeiden käyttö on aiheuttanut pysyviä muutoksia jälkeläisissä.
Ihmisillä SSRI-aineiden käyttö raskauden ensimmäisellä kolmanneksella voi aiheuttaa aukon lapsen sydämen väliseinään. SSRI-lääkkeet voivat myös aiheuttaa vaikeuksia imetyksessä. Raskausaikana masennuslääkettä käyttäneiden äitien lapset voivat kehittyä hitaammin kuin niiden masentuneiden äitien lapset, jotka eivät käyttäneet lääkehoitoa raskauden aikana.